Inmediatamente después de haberse firmado los «arreglos», el gobierno revolucionario, traidor y cobarde, se dió a la tarea de asesinar del modo que fuera a los principales Jefes Cristeros.
Un año después de los «arreglos» Gabino Flores vivía en Capilla de Milpillas, atendiendo un obrador, dedicado a la matanza de ganado.
En agosto de 1930 llegó a Tepatitlán procedente de la ciudad de México el Coronel Rafael Esquinca con 50 hombres que traían la orden de matar a Gabino Flores a como diera lugar.
Sin embargo en Tepatitlán les advirtieron que si llegaban con violencia a Capilla de Milpillas los matarían y se prendería otra vez la mecha, por lo que decidieron matarlo a traición.
En el transcurso de dos meses, se acercaron a él, Cristino Alcalá y Pedro Arias para ganarse su confianza.
Finalmente, el 7 de octubre de1930 lo citaron en la cantina para entregarle los papeles de amnistía que supuestamente traía Rafael Esquinca. Por lo que Gabino se presentó junto con su asistente «el Duende «.
Ahí les dieron a tomar vino con una sustancia para dormirlos y cuando se dieron cuenta, ya fue tarde. El Duende quiso salir de la cantina cuando se sintió mareado, pero ya lo estaban esperando para dispararle.
A Gabino lo siguieron y lo mataron al saltar un lienzo de piedras.
De esta forma cobarde murió el invicto héroe Cristero por defender la libertad de la Santa Iglesia y la dignidad de nuestra Patria.
VIVA CRISTO REY!
VIVA SANTA MARÍA DE GUADALUPE!
VIVA GABINO FLORES!